KONAMI刚刚公布了《合金装备5：原爆点》的剧情背景，披露了将在这部游戏中出现的部分角色信息。从曝光的内容来看，《合金装备5：原爆点》和PSP上的《合金装备：和平行者》有着直接的联系。且由于“大本营（Mother Base）”的存在，或许在《合金装备：和平行者》中出现的许多经营素也将在本作中出现。

《合金装备5：原爆点》故事梗概：

1975年正是冷战的缓和时期，越南战争即将结束，世界开始在冷战的阴霾下逐渐复苏。不过，尽管两大超级大国之间的对抗趋于缓和，一小支军事力量却在此时逐渐在加勒比海地区站稳了脚跟。这是一种新型的军事组织，一支没有国籍和故乡的军队。

这支军队的领袖是神秘的男子“Snake”，以地下形式秘密活动。他们是一群精英雇佣兵，为世界上的许多国家提供服务。随着他们的名声水涨船高，他们的资金和力量也开始逐渐膨胀。

终于，有传言称这个组织已经获得了核武器。这引起了国际原子能组织的警惕，一支拥有核武器、没有国籍、没有明确行动纲领、未在反核扩散条约上签字的军事力量，开始让一些国家如芒在背。国际原子能组织也就此展开了调查。