原神中夜叉之愿三个石碑线索的位置是：线索1：遗迹石碑斜上方的丘丘人营地内，线索2：遗迹石碑对面石头台阶上的圆型平台内，线索3：第三个线索的位置在石碑旁边的遗迹石塔内。

详细答案：

线索1：遗迹石碑斜上方的丘丘人营地内

第一个线索就在旁边丘丘人营地的房子里，

但是房子门口有栅栏，需要玩家解决掉全部的丘丘人怪后才能打开，进入后有一个宝箱和一个光柱，接触光柱就可以获得第一个线索了。

线索2：遗迹石碑对面石头台阶上的圆型平台内

遗迹石碑对面有个石头台阶，往上走就会看到圆形平台上有光柱的宝箱，这里就是第二个线索的位置。

玩家靠近宝箱后，平台周围就会出现一个绿色的防护罩，周围还会刷新丘丘人怪，玩家把所有刷新的丘丘人解决掉后护罩才会解除，靠近里面的光柱获得第二个线索。

线索3：第三个线索的位置在石碑旁边的遗迹石塔内。

玩家看到旁边的遗迹后绕到其后面，就会看到一个岩神瞳和岩神瞳后面的光柱。这个光柱所在的房间也是锁上的，玩家需要打碎场地里的黄色灵石，然后用获得的星点亮三个石灯，才能开启大门。

需要注意的是，最后一个石灯的位置就在房间前，玩家获得星星后需要快速跑过去才能点亮，时间稍微长点星星就自动消失了。