《第二银河》的故事发生自2050年开始的3000年后。在这个时代中，航天技术得到了极大的发展和普及，星门和超远距通讯也应运而生。凭借着这一系列技术发展与无穷的进取心，人类在约1000光年的范围内建立起了发达的星际文明。

在第二银河漫长的历史中，压迫和抗争总是彼此交织，每一次碰撞都伴随着数不尽的血与火。直至一百多年前，五个新兴强权从衰亡帝国的尸体上崛起，分割了被称为‘源点星域’的核心文明地带。长久的战乱得以终结，各国共同组建了银河大议会，期盼着能共同建立繁荣稳定的新时代。

但在人类未曾踏足的角落里，还有着更为强大而恐怖的存在……

一艘神秘巨舰悄然出现在源点星域的核心地带，轻易粉碎了人类集结起来的防御力量后又再度离去，只留给人类无尽的惶恐与不安。自此后的数十年内，各色海盗团体、民兵组织和异端教派如雨后春笋般层出不穷，各国间因为新仇旧恨导致的零星冲突又进一步加剧了局势的动荡。

而现在，玩家将作为一位警备队探员进入这个世界，直面一系列接踵而至的危机与阴谋，逐步揭开那些潜藏在黑暗深空中的秘密……