尽管《无人深空》对于一个小团队来说是巨大的一步，但对于游戏本身却遗憾多多。有网友发现，在发售版的《无人深空》中阉割掉了一大堆曾经承诺过的游戏功能，最后都没有出现在游戏中。

在reddit的帖子上，网友列举了每一样缺席游戏正式版的功能，货多量足。以下是一些没有出现在游戏最终版本中的较大的问题：

行星物理学的缺失，此前曾声称有多种不同的重力系统;

飞船的重新装备，目前所有飞船的功能完全相同，而不是为不同的游戏风格设计不同的飞船门类，玩法单一;

碎片的改造应该有着更深刻和广泛的应用价值，而不是非常简单的打造系统;

资源分配和此前宣称的所有规则都不相符，目前各种资源均匀分布，不管行星到底是什么特征（可能是由于行星物理学缺失的效果）;

这也产生了连锁反应，游戏中的交易出现了问题。

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