在人类向外星人无条件投降以后的20年间，幽浮（XCOM）这支人类最后的抵抗力量逐渐被消灭和分化。外星人现在统治着地球，表面上许诺给地球人美好的未来。而背地里却酝酿着不为人知的阴谋并秘密迫害那些反抗他们的势力。

  只有那些生活在世界边缘的人们才有些许的自由可言，他们正在集结一支力量为人类而战。与此同时，幽浮队伍也必须重整旗鼓了。为了全人类的自由，为了揭开外星统治者伪善的面纱，为了将外星人的威胁彻底驱除。