尽管《合金装备5：幻痛》的单人任务获得了满堂彩，但这款游戏的多人模式却像不少次世代大作一样遇到了服务器问题。所幸的是科乐美在这事上也迅速做出了回应，不久前他们就宣布称无论是PC还是主机平台的《合金装备5：幻痛》服务器都已经获得了很大的提高，玩家现在可以尽情享受这款作品。

在9月1日正式发售后，不少尝试在《合金装备5：幻痛》中登陆多人模式的玩家都遇到了网络问题，有时是游戏体验受到影响，有时则根本无法登入。不久前科乐美就对服务器进行了一系列整修，从目前来看似乎效果还是相当不错的。不过科乐美也没有把话说绝对，在公布服务器整修完毕之余他们也坦承如果登陆玩家太多的话网络问题可能还会出现。

此外，玩过《合金装备5：原爆点》的玩家还可以将这款前传的数据导入《合金装备5：幻痛》中。虽然不导入数据也不会对《合金装备5：幻痛》的游戏体验造成什么影响，但既然能迅速解锁一系列相当酷炫的额外奖励（如上图中原版《合金装备》斯内克模型），何乐而不为呢？