根据媒体报道，《GTA三部曲：终极版》其中包含有授权已经过期的音乐，另外还有包含开发者评论的未编译代码。

有玩家在分析三部曲合集的数据文件时发现了这些信息，这也有可能是R星在游戏发售之后又将其下架的一个原因。

PC玩家在游戏发售之后，便由于R星启动器进入“维护”状态导致无法正常游戏。有用户针对三部曲文件进行数据挖掘，发现所有因为授权过期而被删除的《GTA圣安地列斯》音乐实际上仍然存在于游戏文件之中，游戏只是不对其进行播放而已。

用户在推特上表示：“终极版选择的音乐格式是OGG-VORBIS，《GTA圣安地列斯》包含所有被砍掉的音乐，只是在脚本中禁止播放。”

还有用户对《GTA罪恶都市》进行类似查找，同样发现了游戏中被禁止播放的比如迈克尔·杰克逊的音乐。

还有数据挖掘人员发现，游戏代码中包含未编译版main.scm文件，其中包含《GTA 3》、《GTA罪恶都市》和《GTA圣安地列斯》所有的游戏脚本。挖掘人员表示，未编译版本堪称对游戏幕后人员感兴趣的玩家的“圣杯”，因为里面包含被删除的缺失内容，还有当年R星北方工作室员工的信息。