在图书馆的地图上旋转了望塔，等到出现红线，表示了望塔已经对准谜题的位置。这时登塔，就可以看到解谜的提示。（只有有去调查过的地方才会出现红线）先调查星象馆，之后到图书馆调查地图。将红线对准星象馆，之后登上了望塔可以得到三组日期。到星象馆调查这三个日期的星座，记下后到图书馆查书可以知道是叶子、昆虫、蛇这三个星座，到馆外按下这三个图形的按钮，水池中的沉船模型便会浮起，此时港边的沉船也会浮上来进入船中调查书便可前往石船时代。

　　先调查灯塔会发现有大量的积水及一只小钥匙，出灯塔后前往另一方会看到三个按钮，分别为：1.蓄水2.排山洞中的水3.排灯塔中的水（由左至右）

　　先按3之后进入灯塔往下走可以看到一个箱子将箱子中的水放掉后，到外面按1灌水到灯塔箱子浮上，就可以开箱取出钥匙。上灯塔，旋转发电机，灯塔的灯就会亮了。到山顶上的望远镜看看，就看得到灯塔座标为135度。进入山洞往里面走，中途的门里的走道中有个像罗盘的地方按135度。（依进入的地方不同位置会有左上及右下两种，如果按对地方就不会停电）往山洞深处走就可进入小房间在这里可以拿书页。两边山洞进入的房间不一样书页也不同，其中较明亮的房间里可找到半张白色文件，请把内容记下来将来会用到。出来后去按1船底就会出现密室,调查书便可回神秘岛。

　　在图书馆调查地图,将红线对准飞艇，之后登上了望塔可以得到一个电压值。依了望塔的提示到地下引擎室照墙上的顺序按1.2.3.5.6.9.10六个键，此时的电压便能启动飞艇的引擎。进到飞艇中，依照图书馆藏书中的提示弹奏，顺便把顺序位置记下。（不分黑、白键、由左而右数位置）之后到另一方调音阶，顺序为：（1）7次上（2）19次上（3）22次上（4）12次上（5）6次上完后上方便会出现书，进入后可到声音的世界。首先到各处把声音及图像记下来，顺便拿书页。

　　然后到观测台依声音与座标的关系调整座标，可以解出开门用的声音顺序，顺序为：

　　（1）5次下（2）最底下（3）不动（4）6次下（5）7次打开门后便可以到地下铁路网，走出这个迷宫后调查书就可回神秘岛了。地下铁路网要走一段时间所以一定要有耐心。车子停在转向站时会有声音，这个声音就是代表下次要走的方向。其实只要停止时有听见声音，便表示走的方向正确。如果没有就要退回上一步换方向重走，照著这个方法就一定能成功走出去。

　　在图书馆调查地图，将红线对准钟楼，之后登上了望塔可以得到一个时间。到钟楼前转动大小两个转盘，将时间调成2:40即可进入钟楼，进入后把数字转成2.2.1，此时港边的齿轮会转动，里面有书。进入书中便可到湖心机关屋。

　　屋中的房间有分恶魔房及高贵房，两间的隐藏房间都是在倚子的右下方，仔细调查就找的到，里面就放著书页。到屋子的里面（房间与房间中央）会看到一个红钮，按下后会有阶梯出现。到下面后转动开关，使记号变换成红色的。然后回到上方，再按一次按钮便可进入升降梯内。到达上层时按中间的按钮，赶紧跑到外面，之后升降梯会下降。调查后会发现有可转动的机关，转动后离开升降梯会自动升上来。出到外面可以看到景色变了，原本刚才是用来转动屋子方向的机器。往外走到尽头可以看到2/4的密码，记下后再转动房子一次，可得到定另外2/4的密码。将房子转回一开始的位置，走到最初来的地方输入密码，底下就会出现阶梯，下去后，调查书便可回神秘岛。

　　在图书馆调查地图，将红线对准木屋与神木，之后登上了望塔可以得到一个密码。进入小木屋后，在墙上的保险箱输入密码7.2.4。打开后可得到火柴，点燃后放到炉子的小孔，之后转旁边的转盘。先转右边（游标绿色）转多圈一点，然后转左边（游标红色）转多圈一点，之后马上冲到外面到神木前，此时如果看到一个树洞往下降便是成功。

 

　　进到树洞中会被送到下面去，里面有书，进入书中可到水与树屋的世界。先到小岛上把水塔的开关（在下方）打开，然后把水引到升降梯的方向（离小岛较远那个）。进到升降梯到上方，去找一个里面有“拉把式开关”的房间（重要！！一定要找到）。拉下开关后可以开另一升降梯旁的门，从那个门往下走，将水引过来。再回到上方，此时这个升降梯已经可以使用。进入后到更上一层，往前有两个房间，往后有一个房间，在这一层可拿书页。进入后方的房间调查，可得到半张文白色文件。将内容记下与之前得到的合并，可得知重要的讯息。到最下层将水引往抽水机，拉动抽水机开关便会出现道路。走过去后到分格开的水管旁转动手把，把水管接续起来，然后再把水引过来，此时便可启动升降梯。进入后调查书便可回神秘岛。

　　经过长期冒险后，终于过完每一个岛（每一本书）了。此时哥哥或者弟弟（红书和蓝书里的人），会告诉你还须要一张书页才能救他。这张书页就藏在壁炉里，先翻书查看第158号密码，然后进入壁炉中输入。理面会有红书页。蓝书页各1张及一本绿书。不管你先前有没有拿书页，只要这里的书页一放进书中，书中的人便会得救。不过他们兄弟两都说对方是恶人，并说不可碰绿书，要不然会被吸入书中。为秉持著冒险精神，主角（就是你）打开绿书来看。

　　没想到书中关的竟然是他们的父亲！听完他的说明后，他会要求我们去拿白色的书页来救他。记得那两张半张的白色文件吗？那就是取得白书页方法的说明。首先把神秘岛上的所有指示开关打开（钟楼旁的也要），然后回到港口，将指示开关关上即可，白色的书页就会出现。之后因决定而结局分岐。

　　拿到白色书页进入绿书拿给老人后，在原地等老人回来，接著将游标指著桌上的神秘岛这本书便破关了（好结局）。

　　将红色书页拿给哥哥，结果自己被吸入书中，而且书页被哥哥一张张撕掉！（坏结局）

　　将绿色书页拿给弟弟，结果自己被吸入书中，而且书页被弟弟一张张撕掉！（坏结局)