开始先是看到原始蜘蛛侠正在被巨大的怪物虐待，先活动一下筋骨按照下方的提示进行攻击，因为是训练序章所以不会死亡。危机时刻2099蜘蛛侠穿越时空救下了原始蜘蛛侠，看似比较乱的感情纠结其中是有起源的。游戏采用倒叙的方式，故事回到时间发生之前的2099。