Cell桑基图在文章中，Half Violin绘制与相关系数图的全攻略！

众所周知，科研绘图是众所周知的SCI发表论文至关重要。

一般来说，编辑审阅提交文章分为三个步骤：一是看排版，二是看标题摘要，三是看图表。

很多小伙伴专业能力强，研究成果也很重要，但由于编辑不喜欢图表太辣眼，反复修改或被拒绝！

站在巨人的肩膀上，我们更容易成功。学习高分文章的精美图片可以很好地提高文章的图片等级！

2020年2月13日，国际著名期刊 Cell 在线发表一篇题为Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells "；文章。

本文从11个小鼠组织中构建了3.2万多个单一内皮细胞转录本的图谱。

接下来，让半夏和你一起学习高分文章的图形绘制方法！

01 Origin绘制桑基图

桑基图（Sankey Diagram）它是一种特定类型的流程图。图中延伸分支的宽度对应数据流量的大小，通常用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。

最基本的桑基图只有左右两个流向，Cell桑基图显示了不同性别小鼠内皮细胞的表面分类：

如果我们只需要显示类似的细胞类别注释数据，我们应该如何绘制桑基图？

1. 软件准备

本次在Win10系统下使用Origin2020年画桑基图。

Origin2020可于OriginLab 官网下载：https://mail.hust.edu.cn/coremail/XT5/jsp/，

也可在百度网盘下载：https://pan.baidu.com/s/1d3Tgbc。

下载安装软件后，需要学校提供edu.cn注册并激活最终邮箱。

2. 绘制桑基图

来自城乡的男孩或女孩的目标是示例数据：

2.1 打开Origin2020软件，在Book1中输入示例数据：

2.2 选择A、B点击菜单栏两列Plot -> Categorical -> Parallel Sets:

得到来自城市/郊区/农村的男孩和女孩的桑基图。颜色代表性别和分支的宽度对应数据量。例如，来自城市的女孩比男孩多：

选中A、B、C三列画桑基图，一个非常实用的功能Origin最近实用的图表类型将在2020年列出，所以我们可以很容易地选择Parallel Sets：

多流桑基图如下：颜色代表性别：

2.3 调整和美化图片

设置分支颜色

双击图片进入Plot details界面下Plot properties，根据性别默认获得桑基图Index: Col（A）显示颜色：

Color List配色方案可以更改：

点击Color List右边的铅笔是对的Color List进行编辑：

在Color Options以下颜色为由B列决定：

File -> Export Graph导出图片(快捷键Ctrl G），导出图片格式、宽度、高分辨率等可设置：

02 Half Violin的绘制

小提琴图（Violin plots）它是盒线图和核密度图的结合，因其形状与小提琴相似而得名。

盒线图显示分位数的位置，小提琴图显示任何位置的密度。

Graphpad Prism 8.0 Column下选择Box and violin画小提琴图：

Graphpad Prism可视化数据点的分布和概率密度共存共存Half Violin。

Half Violin与云雨图类似，数据点概率密度显示在右侧，对齐数据点显示在左侧:

Half Violin绘制步骤：

打开Origin2020软件，在Book输入数据1：

点击菜单栏选择数据Plot -> Statistical -> Half Violin：

得到Half Violin，显示在右侧密度图中mean与标准差（Standard Deviation）：

双击图片进入Plot details界面下Plot properties，Group下设置Distribution Fill color为By one,可自行设置颜色顺序和细节：

填充颜色后密度分布效果如下：

接下来可以对左Symbol符号形状，Symbol设置颜色等参数：

File -> Export Graph导出图片(快捷键Ctrl G）即可。

03 绘制相关系数图

Cell文章还使用了相关系数图：

绘图工具为联川生物在线绘图，网站：http://www.lc-bio.cn/overview。

选择绘图下的相关系数图：

上传数据后设置参数，相关系数计算方法有pearson、spearman、kendall三种方法：

获取相关系数图：

数据下载处可下载相关系数：

下载数据的相关系数如下：

导出图片。值得注意的是，该网站可以导出可缩放矢量图形格式SVG：

04 扩展

如何使用Excel绘制相关系数图？

原始数据如下：

Excel下PEARSON(array1, array2)可以返回 Pearson相关系数r，这是一个范围 -1.0 到 1.0 之间（包括 -1.0 和 1.0 无量纲指数反映了两个数据集之间的线性相关性。

每组依次计算Pearson相关系数，以Demo_A与Demo_B例如，相关系数为0.983929(这与在线绘图工具的导出结果一致):

各组Pearson计算完相关系数后，我们得到每组相关系数的数据：

开始 -> 条件格式 -> 选择红白色阶或自定义色阶：

如下：

不要在视图下选择网格线：

导出图片。

今日与大家分享的从Cell学科研绘图到此结束，希望对大家有所帮助！

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