《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》所收录的剧情从六道培因一战结束之后的五影会议开始，一直到第四次忍界大战结束。玩家将能够完整体验原作中各种如鸣人vs 尾兽与面具男、五影vs 宇智波斑等等的名场面，此外也有根据玩家的选择而触发如鸣人vs 佐助等原创剧情。